ペンギンの杜

Linuxソフト集

category/科学・技術/生物・化学

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  • CCT (フリー)
    • 細菌やプラスミド,葉緑体,ミトコンドリアなどのシーケンスを可視的に比較する
  • GenomeTester (フリー)
    • k-merリストを操作するツールキット
  • Unicycler (フリー)
    • 細菌遺伝子用アセンブリパイプライン
  • Torrent Variant Calle (フリー)
    • Ion Torrentのシーケンスプラットフォーム用バリアントコールプログラム
  • kmer (フリー)
    • DNAシーケンス解析ツール
  • GEMMA (フリー)
    • ゲノムワイド効率的混合モデル関連解析プログラム
  • CNVkit (フリー)
    • DNAシーケンスからコピー数多型を検出する
  • Solvate (フリー)
    • 分子動力学シミュレーション用に溶媒中の高分子のモデルを作成
  • NEURON (フリー)
    • 神経細胞単体やネットワークをシミュレーションする
  • NAMD (フリー)
    • 並列計算に対応した分子動力学シミュレータ
  • Amber (フリー)
    • GPUに対応した生体分子などの分子動力学プログラム
  • PatMaN (フリー)
    • 短いDNAのパターンを大きなデータベースから探す
  • ClonalFrameML (フリー)
    • バクテリア遺伝子の組み換えを効率的に推定する
  • ClonalOrigin (フリー)
    • バクテリアの体内で起こる相同組換えを解析する
  • HINGE (フリー)
    • ロングリード型の遺伝子アセンブラ
  • Sambamba (フリー)
    • DNA研究で使われるSAM/やBAM形式のデータを操作する
  • BrownDye (フリー)
    • ブラウン動力学による分子運動シミュレータ
  • PyMOL (フリー)
    • 分子構造作成表示ソフト
  • RogueNaRok (フリー)
    • rogue taxon識別用の多彩かつ拡張性の高いアルゴリズム
  • Canu (フリー)
    • ゲノム用単分子シーケンサ
  • DIAMOND (フリー)
    • タンパク質とDNAのアライナ
  • AUGUSTUS (フリー)
    • 真核生物ゲノムシーケンスの遺伝子を推測
  • Nanopolish (フリー)
    • 隠れマルコフモデルを用いたナノポアコンセンサス・アルゴリズム
  • Psi4 (フリー)
    • 第一原理に基づく量子化学プログラム
  • BAGEL (フリー)
    • 計算化学パッケージ
  • Raster3D (フリー)
    • タンパク質や分子を可視化
  • Pizza.py Toolkit (フリー)
    • LAMMPS用のデータ作成・変換ツール
  • VMD (フリー)
    • 分子システムの表示や解析ソフト
  • Atomsk (フリー)
    • シミュレーション用に原子や分子モデルを作成
  • Moltemplate (フリー)
    • LAMMPS向けの分子モデル作製プログラム
  • Gromacs (フリー)
    • マルチプロセッサやGPUに対応した高速の分子動力学シミュレータ
  • CP2K (フリー)
    • 第一原理による分子動力学シミュレータ
  • khmer (フリー)
    • DNAシーケンス解析ツール
  • sga (フリー)
    • デ・ノボ遺伝子アセンブラ
  • RSEM (フリー)
    • 遺伝子およびアイソフォームの評価
  • rainbow_(bio) (フリー)
    • 生物情報学用のショートリードツール
  • DWGSIM (フリー)
    • 遺伝子のショートシーケンスの読み込みをシミュレート
  • SortMeRNA (フリー)
    • フィルタリングのために遺伝子のシーケンスを解析する
  • AEGeAn (フリー)
    • ゲノム解析用ツールキット
  • Barrnap (フリー)
    • リボゾームのRNAを予測する
  • kmc (フリー)
    • ゲノムシーケンス内のk-merをカウントする
  • Subread (フリー)
    • 高性能なDNA、RNA解析ツール
  • GWAMA (フリー)
    • ゲノムワイド関連解析プログラム
  • OpenCFU (フリー)
    • 寒天培地上のコロニーを数える
  • VarScan (フリー)
    • シーケンスから変異を見つける
  • VelvetOptimiser (フリー)
    • シーケンスアセンブラ「Velvet」用にパラメータを最適化する
  • PyScanFCS (フリー)
    • 蛍光相関分光法解析プログラム
  • Cassiopee (フリー)
    • ゲノムシーケンスを検索したり、インデックスする
  • GASiC (フリー)
    • ゲノムの読み込んだアライメント情報を訂正する
  • Clearcut (フリー)
    • 系統樹を効率よく再構成する
  • IDBA (フリー)
    • ド・ブラングラフを用いたDe Novoアセンブラ
  • fitGCP (フリー)
    • ゲノムカバレッジ分布のグラフをフィッテイングする
  • Mapsembler2 (フリー)
    • シーケンスアセンブラ
  • discoSnp (フリー)
    • 読み込んだシーケンスから一塩基多型を探す
  • DNACLUST (フリー)
    • 大量のの短いDNAシーケンスをクラスタリングする
  • seqtk (フリー)
    • FASTA/FASTQフォーマットのシーケンスを取り扱うツール
  • Minia (フリー)
    • de Bruijnグラフベースのシーケンスアセンブラ
  • ProbABEL (フリー)
    • ゲノムワイド関連解析用ツールセット
  • PRANK (フリー)
    • 確率的シーケンスアラインメントプログラム
  • SNAP (フリー)
    • スケーラブルなヌクレオチドアライメントプログラム
  • Rate4Site (フリー)
    • 保存アミノ酸を検出する
  • CH5M3D (フリー)
    • 簡単な分子画像作成表示ソフト
  • KisSplice (フリー)
    • RNAシーケンスデータを解析
  • FreeContact (フリー)
    • たんぱく質の結合を高速で推測
  • NAST-iEr (フリー)
    • 単ヌクレオチドシーケンスをアライメントする
  • ChimeraSlayer (フリー)
    • 16S rRNAのキメラシーケンスを検出するユーティリティ
  • Microbiome Utilities (フリー)
    • ミクロビオーム解析ユーティリティ
  • WigeoN (フリー)
    • 16S DNAのアノーマリ検出用ユーティリティ
  • TreeView X (フリー)
    • 系統樹の表示と印刷をする
  • Spyke Viewer (フリー)
    • 電気生理学データを分析、可視化する
  • Ergo (フリー)
    • 大規模自己無どう着場の計算用量子化学プログラム
  • ProAlign (フリー)
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  • Java TreeView (フリー)
    • 遺伝子発現データをいろいろな方法で表示
  • TOPP (フリー)
    • 液体クロマトグラフ質量分析データ解析用のパイプライン
  • Genome Compiler (フリー)
    • DNAを設計できる
  • OpenMS (フリー)
    • 液体クロマトグラフ質量分析(LC-MS)のデータを管理、解析
  • cdbfasta (フリー)
    • FASTAファイルの高速な復元のためにインデックスを作製
  • MACS (フリー)
    • クロマチン免疫沈降法のモデルベース解析
  • Velvet (フリー)
    • 非常に短いリード用塩基配列アセンブラ
  • Wise (フリー)
    • DNA配列やタンパク質配列、生体高分子の比較
  • FastQC (フリー)
    • シーケンスデータの高速処理のための品質コントロールツール
  • Tandem (フリー)
    • 質量分析法によりタンパク質の同定をする
  • LTRsift (フリー)
    • LTR型レトロトランスポゾンの分類とポストプロセス
  • Ray (フリー)
    • denovoゲノムアセンブルプログラム
  • ConCavity (フリー)
    • たんぱく質リガンドの結合部位を推測
  • BOXSHADE (フリー)
    • 多重配列アライメントのプリティプリンティング
  • ClustalX (フリー)
    • 核酸やたんぱく質のアライメント
  • EDTSurf (フリー)
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  • MolDS (フリー)
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  • ncbi-seg (フリー)
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  • PredictProtein (フリー)
    • たんぱく質シーケンス解析ツール
  • HMMER (フリー)
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  • Norsnet (フリー)
    • たんぱく質の不定形ループの識別
  • PROFbval (フリー)
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  • PROFisis (フリー)
    • シーケンスからたんぱく質間の相互作用を推測する
  • CNrun (フリー)
    • ニューロンネットワークのシミュレーター
  • GenomeTools (フリー)
    • 多機能の遺伝子解析ツール集
  • NORSp (フリー)
    • 非正規二次構造推測ツール
  • PredictNLS (フリー)
    • 核局在シグナルの解析、測定ツール
  • SOAPdenovo (フリー)
    • de novo アセンブリを作成
  • Trimmomatic (フリー)
    • イルミナ社のNGS(シーケンサ)のデータを取り扱う
  • BEAST-MCMC (フリー)
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  • FastTree (フリー)
    • ヌクレオチドやプロテインシーケンスのアライメントから近似最尤法系統樹を推論する
  • NeoBio (フリー)
    • Java用のバイオインフォマティクスアルゴリズム
  • SAINT (フリー)
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  • DSSP (フリー)
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    • 有機化学用ツールキット
  • SIFT (フリー)
    • アミノ酸がたんぱく質にどのような影響を与えるか推測する
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    • 周期律表などの化学用ツール
  • Bowtie 2 (フリー)
    • 高速のバイオ用アライメント、シーケンサーツール
  • proftmb (フリー)
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  • TopHat (フリー)
    • スプライス部位をマッピング
  • Pyacidobasic (フリー)
    • 酸塩基滴定シミュレーション
  • Grinder (フリー)
    • 多目的の生物情報学ツール
  • SPREAD (フリー)
    • 系統地理学的再構築の結果を解析・可視化するシステム
  • luasseq (フリー)
    • スペクトラルシーケンスを描画するためのLuaLaTeX用パッケージ
  • reprof (フリー)
    • たんぱく質の2次構造や可触性を推測
  • ShelXle (フリー)
    • タンパク質構造精密化プログラム「SHELX」用のGUI環境
  • GASSST (フリー)
    • 短いDNAのグローバルアライメントを探す
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    • 睡眠研究用プログラム
  • CD-HIT (フリー)
    • たんぱく質のクラスタリングや比較、ヌクレオチドのシーケンス用のプログラム
  • Clustal Omega (フリー)
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  • Cufflinks (フリー)
    • RNA-Seqの発現差異や調節差異用に転写産物の作成やテスト、見積りを行う
  • Computational Morphometry Toolkit (フリー)
    • MRI画像などの医療、生物画像を処理するツールキット
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  • JELLYFISH (フリー)
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  • PAML (フリー)
    • 最尤法を用いたDNAやたんぱく質の解析ソフト
  • QuteMol (フリー)
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  • PyNAST (フリー)
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