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*LCS with gui - - 動的計画法による配列アライメントプログラム [#x367a31e] |メインページ|>| http://sites.google.com/site/kashiwagiakihiro/Home/lcs-with-gui| |参考ページ1|>| http://| |参考ページ2|>| http://| |概要|>|動的計画法による配列アライメントプログラム| |カテゴリ|>|&soft_rcate(category/);| |関連ソフト|>|&related2(soft/);| |検索|>|&ins_gsearch(LCS with gui);| |ライセンス|シェアウエア|&amazon_ad();| |Debianパッケージ|[[検索:http://packages.debian.org/search?keywords=LCS+with+gui]],&soft_addpkg(Debian);|~| |Ubuntuパッケージ|[[検索:http://packages.ubuntu.com/search?keywords=LCS+with+gui]],&soft_addpkg(Ubuntu);|~| |RPMパッケージ|[[検索:http://fr.rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=LCS+with+gui]],&soft_addpkg(RPM);|~| |登録日|2010-12-21|~| ***説明 [#l8e0db9f] 動的計画法によるLCS(Longest Common Subsequence:最長共通部分列)を求めるプログラムです。 http://sites.google.com/site/kashiwagiakihiro/_/rsrc/1289977689747/Home/lcs-with-gui/Screenshot-LCS.gif 2つの塩基もしくはアミノ酸配列を比較し、最長共通部分列を求めます。GUIによる操作で、入力配列には fastaフォーマットもしくは、配列そのままのデータを Copy&Paste,Cut&Paset,Drag&Drop and ファイルからの読み込みが可能です。求めた配列は、色分け表示され、塩基の場合は、一致不一致により、アミノ酸配列の場合は、blosum62の値で表示されます。また、詳細なアライメント値も確認できます。2つの配列の dot matrix plot(Harr plot)も確認できます。出力ファイルは、CSV(Comma Separated Value)フォーマットを使用しており、Excelで読み込み可能です。Edit Graph値、Similarly Score値、Back tracking pointer値もCSV出力されます。Dot matrix plotは、画像(.png)ファイルとして出力されます。 ギャップペナルティや、一致不一致の値など、アライメントのパラメータも GUIにより指定可能ですので、容易に試行錯誤可能です。主にたんぱく質配列同士の比較に向いているのではないかと考えておりますが、大きな配列の比較には、大量のメモリを必要とします。 CUIもありますので、shや perlから呼び出し、バッチ処理も可能です。 基本的には Freewareですが、利益を伴う使用では Sharewareとなっております。このソフトウェアを使用して利益を得た場合は、得た利益の 10[%]のお支払いをお願い致します。利益を伴わない使用に関しては無償ですので、気軽にご使用ください。 Copyright(C) 2010 Akihiro Kashiwagi 柏木 明博 [Akihiro Kashiwagi] e-mail: a-kashiwagi@mippi-mail.com site: http://sites.google.com/site/kashiwagiakihiro/ 色分け表示： "http://sites.google.com/site/kashiwagiakihiro/_/rsrc/1289977689747/Home/lcs-with-gui/Screenshot-LCS.gif 詳細： http://sites.google.com/site/kashiwagiakihiro/_/rsrc/1289977671817/Home/lcs-with-gui/Screenshot-LCS2.gif Dot matrix plot(Harr plot)： http://sites.google.com/site/kashiwagiakihiro/_/rsrc/1289977651399/Home/lcs-with-gui/Screenshot-LCS3.gif ---- ***コメント [#m1e68b85] #comment(above)広告
