• バックアップ一覧
• 差分 を表示
• 現在との差分 を表示
• 現在との差分 - Visual を表示
• ソース を表示
• soft/LCS with gui へ行く。
  • 1 (2010-12-21 (火) 11:43:05)

LCS with gui - - 動的計画法による配列アライメントプログラム

メインページ	http://sites.google.com/site/kahiwagiakihiro/Home/lcs-with-gui
参考ページ1	http://
参考ページ2	http://
概要	動的計画法による配列アライメントプログラム
カテゴリ	[科学・技術/数学・統計学 ], [科学・技術/生物・化学 ], [科学・技術/情報・コンピュータ ]
関連ソフト	--
検索	LCS with guiをGoogleで検索
ライセンス	シェアウエア
Debianパッケージ	検索 , あればパッケージ登録→
Ubuntuパッケージ	検索 , あればパッケージ登録→
RPMパッケージ	検索 , あればパッケージ登録→
登録日	2010-12-21

説明

動的計画法によるLCS(Longest Common Subsequence:最長共通部分列)を求めるプログラムです。

　2つの塩基もしくはアミノ酸配列を比較し、最長共通部分列を求めます。GUIによる操作で、入力配列には fastaフォーマットもしくは、配列そのままのデータを Copy&Paste,Cut&Paset,Drag&Drop and ファイルからの読み込みが可能です。求めた配列は、色分け表示され、塩基の場合は、一致不一致により、アミノ酸配列の場合は、blosum62の値で表示されます。また、詳細なアライメント値も確認できます。2つの配列の dot matrix plot(Harr plot)も確認できます。出力ファイルは、CSV(Comma Separated Value)フォーマットを使用しており、Excelで読み込み可能です。Edit Graph値、Similarly Score値、Back tracking pointer値もCSV出力されます。Dot matrix plotは、画像(.png)ファイルとして出力されます。 　ギャップペナルティや、一致不一致の値など、アライメントのパラメータも GUIにより指定可能ですので、容易に試行錯誤できます。主にたんぱく質配列同士の比較に向いているのではないかと考えておりますが、大きな配列の比較には、大量のメモリを必要とします。 　CUIもありますので、shや perlから呼び出し、バッチ処理も可能です。

　基本的には Freewareですが、利益を伴う使用では Sharewareとなっております。このソフトウェアを使用して利益を得た場合は、得た利益の 10[%]をお支払いください。利益を伴わない使用に関しては無償です。

一度、お試しください。

コメント