ペンギンの杜

Linuxソフト集

category/科学・技術/生物・化学

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  • CNVkit (フリー)
    • DNAシーケンスからコピー数多型を検出する
  • Solvate (フリー)
    • 分子動力学シミュレーション用に溶媒中の高分子のモデルを作成
  • NEURON (フリー)
    • 神経細胞単体やネットワークをシミュレーションする
  • NAMD (フリー)
    • 並列計算に対応した分子動力学シミュレータ
  • Amber (フリー)
    • GPUに対応した生体分子などの分子動力学プログラム
  • PatMaN (フリー)
    • 短いDNAのパターンを大きなデータベースから探す
  • ClonalFrameML (フリー)
    • バクテリア遺伝子の組み換えを効率的に推定する
  • ClonalOrigin (フリー)
    • バクテリアの体内で起こる相同組換えを解析する
  • HINGE (フリー)
    • ロングリード型の遺伝子アセンブラ
  • Sambamba (フリー)
    • DNA研究で使われるSAM/やBAM形式のデータを操作する
  • BrownDye (フリー)
    • ブラウン動力学による分子運動シミュレータ
  • PyMOL (フリー)
    • 分子構造作成表示ソフト
  • RogueNaRok (フリー)
    • rogue taxon識別用の多彩かつ拡張性の高いアルゴリズム
  • Canu (フリー)
    • ゲノム用単分子シーケンサ
  • DIAMOND (フリー)
    • タンパク質とDNAのアライナ
  • AUGUSTUS (フリー)
    • 真核生物ゲノムシーケンスの遺伝子を推測
  • Nanopolish (フリー)
    • 隠れマルコフモデルを用いたナノポアコンセンサス・アルゴリズム
  • Psi4 (フリー)
    • 第一原理に基づく量子化学プログラム
  • BAGEL (フリー)
    • 計算化学パッケージ
  • Raster3D (フリー)
    • タンパク質や分子を可視化
  • Pizza.py Toolkit (フリー)
    • LAMMPS用のデータ作成・変換ツール
  • VMD (フリー)
    • 分子システムの表示や解析ソフト
  • Atomsk (フリー)
    • シミュレーション用に原子や分子モデルを作成
  • Moltemplate (フリー)
    • LAMMPS向けの分子モデル作製プログラム
  • Gromacs (フリー)
    • マルチプロセッサやGPUに対応した高速の分子動力学シミュレータ
  • CP2K (フリー)
    • 第一原理による分子動力学シミュレータ
  • khmer (フリー)
    • DNAシーケンス解析ツール
  • sga (フリー)
    • デ・ノボ遺伝子アセンブラ
  • RSEM (フリー)
    • 遺伝子およびアイソフォームの評価
  • rainbow_(bio) (フリー)
    • 生物情報学用のショートリードツール
  • DWGSIM (フリー)
    • 遺伝子のショートシーケンスの読み込みをシミュレート
  • SortMeRNA (フリー)
    • フィルタリングのために遺伝子のシーケンスを解析する
  • AEGeAn (フリー)
    • ゲノム解析用ツールキット
  • Barrnap (フリー)
    • リボゾームのRNAを予測する
  • kmc (フリー)
    • ゲノムシーケンス内のk-merをカウントする
  • Subread (フリー)
    • 高性能なDNA、RNA解析ツール
  • GWAMA (フリー)
    • ゲノムワイド関連解析プログラム
  • OpenCFU (フリー)
    • 寒天培地上のコロニーを数える
  • VarScan (フリー)
    • シーケンスから変異を見つける
  • VelvetOptimiser (フリー)
    • シーケンスアセンブラ「Velvet」用にパラメータを最適化する
  • PyScanFCS (フリー)
    • 蛍光相関分光法解析プログラム
  • Cassiopee (フリー)
    • ゲノムシーケンスを検索したり、インデックスする
  • GASiC (フリー)
    • ゲノムの読み込んだアライメント情報を訂正する
  • Clearcut (フリー)
    • 系統樹を効率よく再構成する
  • IDBA (フリー)
    • ド・ブラングラフを用いたDe Novoアセンブラ
  • fitGCP (フリー)
    • ゲノムカバレッジ分布のグラフをフィッテイングする
  • Mapsembler2 (フリー)
    • シーケンスアセンブラ
  • discoSnp (フリー)
    • 読み込んだシーケンスから一塩基多型を探す
  • DNACLUST (フリー)
    • 大量のの短いDNAシーケンスをクラスタリングする
  • seqtk (フリー)
    • FASTA/FASTQフォーマットのシーケンスを取り扱うツール
  • Minia (フリー)
    • de Bruijnグラフベースのシーケンスアセンブラ
  • ProbABEL (フリー)
    • ゲノムワイド関連解析用ツールセット
  • PRANK (フリー)
    • 確率的シーケンスアラインメントプログラム
  • SNAP (フリー)
    • スケーラブルなヌクレオチドアライメントプログラム
  • Rate4Site (フリー)
    • 保存アミノ酸を検出する
  • CH5M3D (フリー)
    • 簡単な分子画像作成表示ソフト
  • KisSplice (フリー)
    • RNAシーケンスデータを解析
  • FreeContact (フリー)
    • たんぱく質の結合を高速で推測
  • NAST-iEr (フリー)
    • 単ヌクレオチドシーケンスをアライメントする
  • ChimeraSlayer (フリー)
    • 16S rRNAのキメラシーケンスを検出するユーティリティ
  • Microbiome Utilities (フリー)
    • ミクロビオーム解析ユーティリティ
  • WigeoN (フリー)
    • 16S DNAのアノーマリ検出用ユーティリティ
  • TreeView X (フリー)
    • 系統樹の表示と印刷をする
  • Spyke Viewer (フリー)
    • 電気生理学データを分析、可視化する
  • Ergo (フリー)
    • 大規模自己無どう着場の計算用量子化学プログラム
  • ProAlign (フリー)
    • 確率的な複数分子アライメントプログラム
  • Java TreeView (フリー)
    • 遺伝子発現データをいろいろな方法で表示
  • TOPP (フリー)
    • 液体クロマトグラフ質量分析データ解析用のパイプライン
  • Genome Compiler (フリー)
    • DNAを設計できる
  • OpenMS (フリー)
    • 液体クロマトグラフ質量分析(LC-MS)のデータを管理、解析
  • cdbfasta (フリー)
    • FASTAファイルの高速な復元のためにインデックスを作製
  • MACS (フリー)
    • クロマチン免疫沈降法のモデルベース解析
  • Velvet (フリー)
    • 非常に短いリード用塩基配列アセンブラ
  • Wise (フリー)
    • DNA配列やタンパク質配列、生体高分子の比較
  • FastQC (フリー)
    • シーケンスデータの高速処理のための品質コントロールツール
  • Tandem (フリー)
    • 質量分析法によりタンパク質の同定をする
  • LTRsift (フリー)
    • LTR型レトロトランスポゾンの分類とポストプロセス
  • Ray (フリー)
    • denovoゲノムアセンブルプログラム
  • ConCavity (フリー)
    • たんぱく質リガンドの結合部位を推測
  • BOXSHADE (フリー)
    • 多重配列アライメントのプリティプリンティング
  • ClustalX (フリー)
    • 核酸やたんぱく質のアライメント
  • EDTSurf (フリー)
    • 高分子の構造を三角形のメッシュで表示
  • MolDS (フリー)
    • 半経験的電子構造及び分子力学
  • ncbi-seg (フリー)
    • アミノ酸シーケンスの複雑性の低いセグメントをマスクする
  • PredictProtein (フリー)
    • たんぱく質シーケンス解析ツール
  • HMMER (フリー)
    • タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル
  • Norsnet (フリー)
    • たんぱく質の不定形ループの識別
  • PROFbval (フリー)
    • アミノ酸シーケンスを元にたんぱく質の残渣の移動度を推測
  • PROFisis (フリー)
    • シーケンスからたんぱく質間の相互作用を推測する
  • CNrun (フリー)
    • ニューロンネットワークのシミュレーター
  • GenomeTools (フリー)
    • 多機能の遺伝子解析ツール集
  • NORSp (フリー)
    • 非正規二次構造推測ツール
  • PredictNLS (フリー)
    • 核局在シグナルの解析、測定ツール
  • SOAPdenovo (フリー)
    • de novo アセンブリを作成
  • Trimmomatic (フリー)
    • イルミナ社のNGS(シーケンサ)のデータを取り扱う
  • BEAST-MCMC (フリー)
    • 分子シーケンスをベイズのマルコフ連鎖モンテカルロ法で解析
  • FastTree (フリー)
    • ヌクレオチドやプロテインシーケンスのアライメントから近似最尤法系統樹を推論する
  • NeoBio (フリー)
    • Java用のバイオインフォマティクスアルゴリズム
  • SAINT (フリー)
    • インタラクトーム解析ソフト
  • MUSTANG (フリー)
    • 複数のたんぱく質をアライメントする
  • DSSP (フリー)
    • 3次元でたんぱく質の二次構造をアサインする
  • Psychtoolbox (フリー)
    • MatlabやOctave向け視覚研究用関数
  • Indigo (フリー)
    • 有機化学用ツールキット
  • SIFT (フリー)
    • アミノ酸がたんぱく質にどのような影響を与えるか推測する
  • Kalzium (フリー)
    • 周期律表などの化学用ツール
  • Bowtie 2 (フリー)
    • 高速のバイオ用アライメント、シーケンサーツール
  • proftmb (フリー)
    • 細菌の膜貫通型受容体βバレルを予測
  • TopHat (フリー)
    • スプライス部位をマッピング
  • Pyacidobasic (フリー)
    • 酸塩基滴定シミュレーション
  • Grinder (フリー)
    • 多目的の生物情報学ツール
  • SPREAD (フリー)
    • 系統地理学的再構築の結果を解析・可視化するシステム
  • luasseq (フリー)
    • スペクトラルシーケンスを描画するためのLuaLaTeX用パッケージ
  • reprof (フリー)
    • たんぱく質の2次構造や可触性を推測
  • ShelXle (フリー)
    • タンパク質構造精密化プログラム「SHELX」用のGUI環境
  • GASSST (フリー)
    • 短いDNAのグローバルアライメントを探す
  • Aghermann (フリー)
    • 睡眠研究用プログラム
  • CD-HIT (フリー)
    • たんぱく質のクラスタリングや比較、ヌクレオチドのシーケンス用のプログラム
  • Clustal Omega (フリー)
    • たんぱく質用マルチシーケンサ
  • Cufflinks (フリー)
    • RNA-Seqの発現差異や調節差異用に転写産物の作成やテスト、見積りを行う
  • Computational Morphometry Toolkit (フリー)
    • MRI画像などの医療、生物画像を処理するツールキット
  • Jalview (フリー)
    • 遺伝子工学用シーケンスアライメントエディタ
  • Cain (フリー)
    • 化学反応をシミュレーション
  • JELLYFISH (フリー)
    • DNAのk-merをカウント
  • Mobyle (フリー)
    • 生物情報科学用のWebサイト構築フレームワーク
  • PAML (フリー)
    • 最尤法を用いたDNAやたんぱく質の解析ソフト
  • QuteMol (フリー)
    • 高品質の分子表示システム
  • Quantum ESPRESSO (フリー)
    • 分子の電子構造を計算
  • PyNAST (フリー)
    • NASTシーケンスアライナ
  • QIIME (フリー)
    • 微生物の生体を解析するシステム
  • VCFtools (フリー)
    • 遺伝子データ用VFCファイルを取り扱うツール
  • cclib (フリー)
    • Python用の計算化学ライブラリ
  • Dozzzaqueux (フリー)
    • 薬液を混ぜて起こる化学反応のシミュレーション
  • Raccoon (フリー)
    • AutoDockで仮想スクリーニングするためのグラフィカルインターフェース
  • AutoDock (フリー)
    • 自動分子ドッキングツール
  • ABySS (フリー)
    • DNAなどのシーケンスを作成
  • Populations (フリー)
    • 集団遺伝学ソフト
  • MGLTools (フリー)
    • 高性能の3次元分子構造表示プログラム
  • BEDTools (フリー)
    • ゲノムの特性比較用ユーティリティ
  • DOTUR (フリー)
    • 距離ベースのOTUと濃度評価
  • Connectome Viewer (フリー)
    • 神経ネットワークの解析や可視化
  • SMILE (フリー)
    • DNAやRNA、たんぱく質シーケンスから重要なパターンを見つける
  • SRA Toolkit (フリー)
    • NCBI SRAアーカイブを読むためのユーティリティ
  • SigViewer (フリー)
    • EEGやEMG、ECGなどの生体信号データの表示
  • AmpliconNoise (フリー)
    • 454シーケンスされたPCRアップリコンからノイズを取り除く
  • RAxML (フリー)
    • 系統樹のシーケンス、最大尤度インターフェース
  • NWChem (フリー)
    • 高性能な化学用ソフトウエア
  • ANN Toolbox (フリー)
    • Scilab用人工神経ネットワークモジュール
  • FASTX-Toolkit (フリー)
    • シーケンスデータFASTA/FASTQファイル処理ツール集
  • FigTree (フリー)
    • 系統樹表示ソフト
  • GoFigure2 (フリー)
    • 生物系イメージの解析や処理、表示
  • GBrowse (フリー)
    • webベースの遺伝子ブラウザ
  • mothur (フリー)
    • 生物情報学用シーケンス解析ソフト
  • Maqview (フリー)
    • 遺伝子研究用グラフィカルアライメントビューア
  • BioMAJ (フリー)
    • バイオ研究用ワークフローエンジン
  • ABACAS (フリー)
    • アルゴリズムベースの組み立てシーケンス設定プログラム
  • SQUIZZ (フリー)
    • 分子生物学用シーケンサ及びアライメントフォーマットチェッカー
  • Biogenesis (フリー)
    • 人工生命体の進化をシミュレーション
  • Jmol (フリー)
    • Javaで書かれた分子表示ソフト
  • Probalign (フリー)
    • 分配関数事後確率を用いたシーケンスアライメントプログラム
  • Stimfit (フリー)
    • 電気生理学的データの表示と解析
  • MrBayes (フリー)
    • 系統発生論用ベイズ推定
  • TM-align (フリー)
    • 淡白質構造アライメント用ソフト
  • Bowtie (フリー)
    • 超高速DNAシーケンスアラインメントシステム
  • PDB2PQR (フリー)
    • 静電計算用にたんぱく質の構造を準備
  • PROPKA (フリー)
    • たんぱく質のプロトン状態を修正
  • tabix (フリー)
    • タブ区切り型のゲノム位置ファイルのインデックスを作る
  • AutoDock Vina (フリー)
    • 分子ドッキング用ソフト
  • origami (フリー)
    • 分散コンピューティングプロジェクト「Folding@Home」クライアント用管理ツール
  • PsychoPy (フリー)
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  • Nitime (フリー)
    • 神経科学用解析モジュール
  • LCS with gui (シェアウエア)
    • 動的計画法による配列アライメントプログラム
  • XMakemol (フリー)
    • 原子や分子を3Dで可視化
  • Ghemical (フリー)
    • グラフィカルな分子モデリングソフト
  • GENtle (フリー)
    • DNA実験・解析用ソフト
  • GMAP (フリー)
    • ESTやmRNA、cDNAシーケンスをアライメントする
  • bist (フリー)
    • 化学用ドローツール
  • Lutefisk (フリー)
    • ペプチドのCIDスペクトル解釈用ソフト
  • Infernal (フリー)
    • DNAの塩基配列データベースからRNAの構造や塩基配列を検索する
  • DRAWxtl (フリー)
    • 結晶構造を3次元表示
  • Lipsia (フリー)
    • MRIやfMRIの画像を解析
  • BALLView (フリー)
    • OpenGLを用いた3次元の分子モデリング、可視化ソフト
  • mMass (フリー)
    • 質量分析法用ツール
  • massXpert (フリー)
    • ポリマー用の質量分析法ソフト
  • Bauble (フリー)
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    D:Debianパッケージあり , U:Ubuntuパッケージあり , R:RPMパッケージあり
  • JAGS (フリー)
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  • Theseus (フリー)
    • 高分子解析用ソフト
  • SOFA (フリー)
    • 医学応用を重視したリアルタイムシミュレーションのフレームワーク
  • XBS (フリー)
    • 球体と棒で分子を表示させる
  • Avogadro (フリー)
    • 分子モデルを作成
  • Bioclipse (フリー)
    • ケモ/バイオインフォマティクスの可視化プラットフォーム
  • polyxmass (フリー)
    • 質量分析および高分子物質シミュレーション
  • RasMol (フリー)
    • 有機化合物や生体高分子などの分子構造を表示
  • GENESIS (フリー)
    • ニューロンのシミュレータ
  • EMBOSS (フリー)
    • 分子生物学解析ソフトを集めたパッケージ
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  • Dialign (フリー)
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  • Garlic (フリー)
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  • Open Babel (フリー)
    • 分子モデリングの様々なファイル形式を変換するプログラム
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    • 分子構造描画プログラム
  • GPeriodic (フリー)
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  • atomix (フリー)
    • 原子を組み合わせて分子を作るゲーム
  • Atomix (フリー(GPLなど))
    • 分子を組み立てるゲーム
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