生物・化学のバックアップ(No.41)

TM-align (フリー)
- 淡白質構造アライメント用ソフト
Bowtie (フリー)
- 超高速DNAシーケンスアラインメントシステム
PDB2PQR (フリー)
- 静電計算用にたんぱく質の構造を準備
PROPKA (フリー)
- たんぱく質のプロトン状態を修正
tabix (フリー)
- タブ区切り型のゲノム位置ファイルのインデックスを作る
AutoDock Vina (フリー)
- 分子ドッキング用ソフト
origami (フリー)
- 分散コンピューティングプロジェクト「Folding@Home」クライアント用管理ツール
PsychoPy (フリー)
- 心理学、脳科学の実験用プログラム
Nitime (フリー)
- 神経科学用解析モジュール
LCS with gui (シェアウエア)
- 動的計画法による配列アライメントプログラム
XMakemol (フリー)
- 原子や分子を3Dで可視化
Ghemical (フリー)
- グラフィカルな分子モデリングソフト
GENtle (フリー)
- DNA実験・解析用ソフト
GMAP (フリー)
- ESTやmRNA、cDNAシーケンスをアライメントする
bist (フリー)
- 化学用ドローツール
Lutefisk (フリー)
- ペプチドのCIDスペクトル解釈用ソフト
Infernal (フリー)
- DNAの塩基配列データベースからRNAの構造や塩基配列を検索する
DRAWxtl (フリー)
- 結晶構造を3次元表示
Lipsia (フリー)
- MRIやfMRIの画像を解析
BALLView (フリー)
- OpenGLを用いた3次元の分子モデリング、可視化ソフト
mMass (フリー)
- 質量分析法用ツール
massXpert (フリー)
- ポリマー用の質量分析法ソフト
Bauble (フリー)
- 植物標本を管理するソフト
D:Debianパッケージあり , U:Ubuntuパッケージあり , R:RPMパッケージあり
JAGS (フリー)
- ギブス抽出法を用いたベイズ階層モデルの解析ソフト
Theseus (フリー)
- 高分子解析用ソフト
SOFA (フリー)
- 医学応用を重視したリアルタイムシミュレーションのフレームワーク
XBS (フリー)
- 球体と棒で分子を表示させる
Avogadro (フリー)
- 分子モデルを作成
Bioclipse (フリー)
- ケモ/バイオインフォマティクスの可視化プラットフォーム
polyxmass (フリー)
- 質量分析および高分子物質シミュレーション
RasMol (フリー)
- 有機化合物や生体高分子などの分子構造を表示
GENESIS (フリー)
- ニューロンのシミュレータ
EMBOSS (フリー)
- 分子生物学解析ソフトを集めたパッケージ
EasyChem (フリー)
- 分子構造や二次元化学公式を表示
Dialign (フリー)
- グリーディ法でたんぱく質や DNA 列の多重配列アライメント
CTSim (フリー)
- X線による断層写真をシミュレートする
Isotopic Pattern Calculator (フリー)
- 化学組成式から同位体の質量スペクトルを計算
Chemical Markup Language (フリー)
- XMLで化学構造式を描く
GChemPaint (フリー)
- 化学構造式を描くソフト
Chemtool (フリー)
- 分子構造図を描くソフト
Garlic (フリー)
- 分子構造を表示したり、編集したりできる
Open Babel (フリー)
- 分子モデリングの様々なファイル形式を変換するプログラム
XDrawChem (フリー)
- 分子構造描画プログラム
GPeriodic (フリー)
- 周期律表の表示
atomix (フリー)
- 原子を組み合わせて分子を作るゲーム
Atomix (フリー(GPLなど))
- 分子を組み立てるゲーム

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category/科学・技術/生物・化学のバックアップ(No.41)

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