生物・化学のバックアップ(No.160)

Nanopolish (フリー)
- 隠れマルコフモデルを用いたナノポアコンセンサス・アルゴリズム
Psi4 (フリー)
- 第一原理に基づく量子化学プログラム
BAGEL (フリー)
- 計算化学パッケージ
Raster3D (フリー)
- タンパク質や分子を可視化
Pizza.py Toolkit (フリー)
- LAMMPS用のデータ作成・変換ツール
VMD (フリー)
- 分子システムの表示や解析ソフト
Atomsk (フリー)
- シミュレーション用に原子や分子モデルを作成
Moltemplate (フリー)
- LAMMPS向けの分子モデル作製プログラム
Gromacs (フリー)
- マルチプロセッサやGPUに対応した高速の分子動力学シミュレータ
CP2K (フリー)
- 第一原理による分子動力学シミュレータ
khmer (フリー)
- DNAシーケンス解析ツール
sga (フリー)
- デ・ノボ遺伝子アセンブラ
RSEM (フリー)
- 遺伝子およびアイソフォームの評価
rainbow_(bio) (フリー)
- 生物情報学用のショートリードツール
DWGSIM (フリー)
- 遺伝子のショートシーケンスの読み込みをシミュレート
SortMeRNA (フリー)
- フィルタリングのために遺伝子のシーケンスを解析する
AEGeAn (フリー)
- ゲノム解析用ツールキット
Barrnap (フリー)
- リボゾームのRNAを予測する
kmc (フリー)
- ゲノムシーケンス内のk-merをカウントする
Subread (フリー)
- 高性能なDNA、RNA解析ツール
GWAMA (フリー)
- ゲノムワイド関連解析プログラム
OpenCFU (フリー)
- 寒天培地上のコロニーを数える
VarScan (フリー)
- シーケンスから変異を見つける
VelvetOptimiser (フリー)
- シーケンスアセンブラ「Velvet」用にパラメータを最適化する
PyScanFCS (フリー)
- 蛍光相関分光法解析プログラム
Cassiopee (フリー)
- ゲノムシーケンスを検索したり、インデックスする
GASiC (フリー)
- ゲノムの読み込んだアライメント情報を訂正する
Clearcut (フリー)
- 系統樹を効率よく再構成する
IDBA (フリー)
- ド・ブラングラフを用いたDe Novoアセンブラ
fitGCP (フリー)
- ゲノムカバレッジ分布のグラフをフィッテイングする
Mapsembler2 (フリー)
- シーケンスアセンブラ
discoSnp (フリー)
- 読み込んだシーケンスから一塩基多型を探す
DNACLUST (フリー)
- 大量のの短いDNAシーケンスをクラスタリングする
seqtk (フリー)
- FASTA/FASTQフォーマットのシーケンスを取り扱うツール
Minia (フリー)
- de Bruijnグラフベースのシーケンスアセンブラ
ProbABEL (フリー)
- ゲノムワイド関連解析用ツールセット
PRANK (フリー)
- 確率的シーケンスアラインメントプログラム
SNAP (フリー)
- スケーラブルなヌクレオチドアライメントプログラム
Rate4Site (フリー)
- 保存アミノ酸を検出する
CH5M3D (フリー)
- 簡単な分子画像作成表示ソフト
KisSplice (フリー)
- RNAシーケンスデータを解析
FreeContact (フリー)
- たんぱく質の結合を高速で推測
NAST-iEr (フリー)
- 単ヌクレオチドシーケンスをアライメントする
ChimeraSlayer (フリー)
- 16S rRNAのキメラシーケンスを検出するユーティリティ
Microbiome Utilities (フリー)
- ミクロビオーム解析ユーティリティ
WigeoN (フリー)
- 16S DNAのアノーマリ検出用ユーティリティ
TreeView X (フリー)
- 系統樹の表示と印刷をする
Spyke Viewer (フリー)
- 電気生理学データを分析、可視化する
Ergo (フリー)
- 大規模自己無どう着場の計算用量子化学プログラム
ProAlign (フリー)
- 確率的な複数分子アライメントプログラム
Java TreeView (フリー)
- 遺伝子発現データをいろいろな方法で表示
TOPP (フリー)
- 液体クロマトグラフ質量分析データ解析用のパイプライン
Genome Compiler (フリー)
- DNAを設計できる
OpenMS (フリー)
- 液体クロマトグラフ質量分析（LC-MS)のデータを管理、解析
cdbfasta (フリー)
- FASTAファイルの高速な復元のためにインデックスを作製
MACS (フリー)
- クロマチン免疫沈降法のモデルベース解析
Velvet (フリー)
- 非常に短いリード用塩基配列アセンブラ
Wise (フリー)
- DNA配列やタンパク質配列、生体高分子の比較
FastQC (フリー)
- シーケンスデータの高速処理のための品質コントロールツール
Tandem (フリー)
- 質量分析法によりタンパク質の同定をする
LTRsift (フリー)
- LTR型レトロトランスポゾンの分類とポストプロセス
Ray (フリー)
- denovoゲノムアセンブルプログラム
ConCavity (フリー)
- たんぱく質リガンドの結合部位を推測
BOXSHADE (フリー)
- 多重配列アライメントのプリティプリンティング
ClustalX (フリー)
- 核酸やたんぱく質のアライメント
EDTSurf (フリー)
- 高分子の構造を三角形のメッシュで表示
MolDS (フリー)
- 半経験的電子構造及び分子力学
ncbi-seg (フリー)
- アミノ酸シーケンスの複雑性の低いセグメントをマスクする
PredictProtein (フリー)
- たんぱく質シーケンス解析ツール
HMMER (フリー)
- タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル
Norsnet (フリー)
- たんぱく質の不定形ループの識別
PROFbval (フリー)
- アミノ酸シーケンスを元にたんぱく質の残渣の移動度を推測
PROFisis (フリー)
- シーケンスからたんぱく質間の相互作用を推測する
CNrun (フリー)
- ニューロンネットワークのシミュレーター
GenomeTools (フリー)
- 多機能の遺伝子解析ツール集
NORSp (フリー)
- 非正規二次構造推測ツール
PredictNLS (フリー)
- 核局在シグナルの解析、測定ツール
SOAPdenovo (フリー)
- de novo アセンブリを作成
Trimmomatic (フリー)
- イルミナ社のNGS(シーケンサ)のデータを取り扱う
BEAST-MCMC (フリー)
- 分子シーケンスをベイズのマルコフ連鎖モンテカルロ法で解析
FastTree (フリー)
- ヌクレオチドやプロテインシーケンスのアライメントから近似最尤法系統樹を推論する
NeoBio (フリー)
- Java用のバイオインフォマティクスアルゴリズム
SAINT (フリー)
- インタラクトーム解析ソフト
MUSTANG (フリー)
- 複数のたんぱく質をアライメントする
DSSP (フリー)
- 3次元でたんぱく質の二次構造をアサインする
Psychtoolbox (フリー)
- MatlabやOctave向け視覚研究用関数
Indigo (フリー)
- 有機化学用ツールキット
SIFT (フリー)
- アミノ酸がたんぱく質にどのような影響を与えるか推測する
Kalzium (フリー)
- 周期律表などの化学用ツール
Bowtie 2 (フリー)
- 高速のバイオ用アライメント、シーケンサーツール
proftmb (フリー)
- 細菌の膜貫通型受容体βバレルを予測
TopHat (フリー)
- スプライス部位をマッピング
Pyacidobasic (フリー)
- 酸塩基滴定シミュレーション
Grinder (フリー)
- 多目的の生物情報学ツール
SPREAD (フリー)
- 系統地理学的再構築の結果を解析・可視化するシステム
luasseq (フリー)
- スペクトラルシーケンスを描画するためのLuaLaTeX用パッケージ
reprof (フリー)
- たんぱく質の2次構造や可触性を推測
ShelXle (フリー)
- タンパク質構造精密化プログラム「SHELX」用のGUI環境
GASSST (フリー)
- 短いDNAのグローバルアライメントを探す
Aghermann (フリー)
- 睡眠研究用プログラム
CD-HIT (フリー)
- たんぱく質のクラスタリングや比較、ヌクレオチドのシーケンス用のプログラム
Clustal Omega (フリー)
- たんぱく質用マルチシーケンサ
Cufflinks (フリー)
- RNA-Seqの発現差異や調節差異用に転写産物の作成やテスト、見積りを行う
Computational Morphometry Toolkit (フリー)
- MRI画像などの医療、生物画像を処理するツールキット
Jalview (フリー)
- 遺伝子工学用シーケンスアライメントエディタ
Cain (フリー)
- 化学反応をシミュレーション
JELLYFISH (フリー)
- DNAのk-merをカウント
Mobyle (フリー)
- 生物情報科学用のWebサイト構築フレームワーク
PAML (フリー)
- 最尤法を用いたDNAやたんぱく質の解析ソフト
QuteMol (フリー)
- 高品質の分子表示システム
Quantum ESPRESSO (フリー)
- 分子の電子構造を計算
PyNAST (フリー)
- NASTシーケンスアライナ
QIIME (フリー)
- 微生物の生体を解析するシステム
VCFtools (フリー)
- 遺伝子データ用VFCファイルを取り扱うツール
cclib (フリー)
- Python用の計算化学ライブラリ
Dozzzaqueux (フリー)
- 薬液を混ぜて起こる化学反応のシミュレーション
Raccoon (フリー)
- AutoDockで仮想スクリーニングするためのグラフィカルインターフェース
AutoDock (フリー)
- 自動分子ドッキングツール
ABySS (フリー)
- DNAなどのシーケンスを作成
Populations (フリー)
- 集団遺伝学ソフト
MGLTools (フリー)
- 高性能の3次元分子構造表示プログラム
BEDTools (フリー)
- ゲノムの特性比較用ユーティリティ
DOTUR (フリー)
- 距離ベースのOTUと濃度評価
Connectome Viewer (フリー)
- 神経ネットワークの解析や可視化
SMILE (フリー)
- DNAやRNA、たんぱく質シーケンスから重要なパターンを見つける
SRA Toolkit (フリー)
- NCBI SRAアーカイブを読むためのユーティリティ
SigViewer (フリー)
- EEGやEMG、ECGなどの生体信号データの表示
AmpliconNoise (フリー)
- 454シーケンスされたPCRアップリコンからノイズを取り除く
RAxML (フリー)
- 系統樹のシーケンス、最大尤度インターフェース
NWChem (フリー)
- 高性能な化学用ソフトウエア
ANN Toolbox (フリー)
- Scilab用人工神経ネットワークモジュール
FASTX-Toolkit (フリー)
- シーケンスデータFASTA/FASTQファイル処理ツール集
FigTree (フリー)
- 系統樹表示ソフト
GoFigure2 (フリー)
- 生物系イメージの解析や処理、表示
GBrowse (フリー)
- webベースの遺伝子ブラウザ
mothur (フリー)
- 生物情報学用シーケンス解析ソフト
Maqview (フリー)
- 遺伝子研究用グラフィカルアライメントビューア
BioMAJ (フリー)
- バイオ研究用ワークフローエンジン
ABACAS (フリー)
- アルゴリズムベースの組み立てシーケンス設定プログラム
SQUIZZ (フリー)
- 分子生物学用シーケンサ及びアライメントフォーマットチェッカー
Biogenesis (フリー)
- 人工生命体の進化をシミュレーション
Jmol (フリー)
- Javaで書かれた分子表示ソフト
Probalign (フリー)
- 分配関数事後確率を用いたシーケンスアライメントプログラム
Stimfit (フリー)
- 電気生理学的データの表示と解析
MrBayes (フリー)
- 系統発生論用ベイズ推定
TM-align (フリー)
- 淡白質構造アライメント用ソフト
Bowtie (フリー)
- 超高速DNAシーケンスアラインメントシステム
PDB2PQR (フリー)
- 静電計算用にたんぱく質の構造を準備
PROPKA (フリー)
- たんぱく質のプロトン状態を修正
tabix (フリー)
- タブ区切り型のゲノム位置ファイルのインデックスを作る
AutoDock Vina (フリー)
- 分子ドッキング用ソフト
origami (フリー)
- 分散コンピューティングプロジェクト「Folding@Home」クライアント用管理ツール
PsychoPy (フリー)
- 心理学、脳科学の実験用プログラム
Nitime (フリー)
- 神経科学用解析モジュール
LCS with gui (シェアウエア)
- 動的計画法による配列アライメントプログラム
XMakemol (フリー)
- 原子や分子を3Dで可視化
Ghemical (フリー)
- グラフィカルな分子モデリングソフト
GENtle (フリー)
- DNA実験・解析用ソフト
GMAP (フリー)
- ESTやmRNA、cDNAシーケンスをアライメントする
bist (フリー)
- 化学用ドローツール
Lutefisk (フリー)
- ペプチドのCIDスペクトル解釈用ソフト
Infernal (フリー)
- DNAの塩基配列データベースからRNAの構造や塩基配列を検索する
DRAWxtl (フリー)
- 結晶構造を3次元表示
Lipsia (フリー)
- MRIやfMRIの画像を解析
BALLView (フリー)
- OpenGLを用いた3次元の分子モデリング、可視化ソフト
mMass (フリー)
- 質量分析法用ツール
massXpert (フリー)
- ポリマー用の質量分析法ソフト
Bauble (フリー)
- 植物標本を管理するソフト
D:Debianパッケージあり , U:Ubuntuパッケージあり , R:RPMパッケージあり
JAGS (フリー)
- ギブス抽出法を用いたベイズ階層モデルの解析ソフト
Theseus (フリー)
- 高分子解析用ソフト
SOFA (フリー)
- 医学応用を重視したリアルタイムシミュレーションのフレームワーク
XBS (フリー)
- 球体と棒で分子を表示させる
Avogadro (フリー)
- 分子モデルを作成
Bioclipse (フリー)
- ケモ/バイオインフォマティクスの可視化プラットフォーム
polyxmass (フリー)
- 質量分析および高分子物質シミュレーション
RasMol (フリー)
- 有機化合物や生体高分子などの分子構造を表示
GENESIS (フリー)
- ニューロンのシミュレータ
EMBOSS (フリー)
- 分子生物学解析ソフトを集めたパッケージ
EasyChem (フリー)
- 分子構造や二次元化学公式を表示
Dialign (フリー)
- グリーディ法でたんぱく質や DNA 列の多重配列アライメント
CTSim (フリー)
- X線による断層写真をシミュレートする
Isotopic Pattern Calculator (フリー)
- 化学組成式から同位体の質量スペクトルを計算
Chemical Markup Language (フリー)
- XMLで化学構造式を描く
GChemPaint (フリー)
- 化学構造式を描くソフト
Chemtool (フリー)
- 分子構造図を描くソフト
Garlic (フリー)
- 分子構造を表示したり、編集したりできる
Open Babel (フリー)
- 分子モデリングの様々なファイル形式を変換するプログラム
XDrawChem (フリー)
- 分子構造描画プログラム
GPeriodic (フリー)
- 周期律表の表示
atomix (フリー)
- 原子を組み合わせて分子を作るゲーム
Atomix (フリー(GPLなど))
- 分子を組み立てるゲーム

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category/科学・技術/生物・化学のバックアップ(No.160)

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